L'ISABU a été fondé en 1962 en remplacement de l' Institut National des Etudes Agronomiques (INEAC) qui était créé en 1929 et est placé sous la tutelle administrative du Ministère de l’Agriculture et de l’Elevage.

L’ISABU est l'un des instituts de recherche sur l'agro-biodiversité les plus importants du Burundi. Cet institut comprend deux départements techniques qui sont le Département de Production et le Département des Études Environnementales et des Systèmes de Production. Il a pour mission de promouvoir le développement scientifique de l’agriculture et de l’élevage au Burundi. Il mène des études, des recherches et des expérimentations visant le développement de l’agriculture et de l’élevage en général, afin de contribuer à la croissance économique du pays, notamment dans l’amélioration des revenus des populations rurales, tout en assurant une gestion prudente des ressources naturelles.