L'INECN collabore avec l'Université du Burundi dans le cadre  de la direction des mémoires pour l'obtention des diplômes de Licence, Ingénieur Agronome et Master dans plusieurs domaines scientifiques.

Depuis longtemps, des lauréats de l'Université du Burundi font leurs travaux de fin d'études à l'Institut National pour l'Environnement et la conservation de la Nature (INECN). qui font leurs recherches à l'INECN

Plusieurs domaines sont concernés par les recherches et il s'agit entre autre de:

• Reherche sur les insectes pollinisateurs;
• Recherche sur les symbioses ectomychoriziques;
• Recherche sur l'écologie;
• Recherche sur la dynamique des habitats;
• Recherche sur les plantes envahissantes;
• Recherche sur les services écosystémiques;
• Recherche sur la Bio-indication;
• Recherche éthnologique  dans le domaine de la Biodiversité etc.

En plus de ces domaines, les professeurs de l'Université du Burundi sont des membres du Comité Scientifiques du Bulletin scientifiques de l'INECN dans le domaine de Biodiversité. L'Université du Burundi participe également dans la réalisation des activités initiées dans le cadre du Centre d'Echange d'Informations en matière de Biodiversité.

Avec l'introduction du nouveau système dans l'enseignement supérieur appelé BMD, l'Université du Burundi organise en collaboration avec l'Office Burundais pour la Protection de l' Environnement (ex-INECN) des stages de formation pour les étudiants finalistes de 3^ème Baccalauréat dans les facultés des Sciences et d'Agronomie et Bio-Ingéniereie, dans les Départements de Biologie et des Sciences et Technologie de l'Environnement. Ainsi, des stages dans les domaines suivants ont été organisés:

• Stage sur la taxonomie des invertébrés du Burundi;
• Stage sur la taxonomie des Batraciens du Burundi;
• Stage sur la détermination des espèces floristiques des aires protégées;
• Stage sur l'analyse du niveau d'installation du couvert végétal urbain dans les différents quartiers de Bujumbura.