Le Burundi possède 16 aires protégées réparties dans 4 catégories de l’UICN: Parcs Nationaux, Réserves Naturelles, Monuments Naturels et Paysages Protégés et dans d’autres zones spéciales de protection, totalisant environ 40146 ha, soit 5,1% du total du pays.

Les aires protégées sont pluri-écosystémiques. Mais, en considérant les superficies actuelles des grands écosystèmes, il apparaît que plusieurs d’entre eux sont très faiblement représentés dans le système des aires protégées: marais, milieux aquatiques, forêts claires. Par contre, les forêts ombrophiles de montagne, la forêt sclérophylle à Hyphaene et la forêt mésophile de Kigwena sont bien représentées dans les aires protégées. Les savanes de l’Est sont représentées dans les aires protégées, mais les prairies altimontaines ne bénéficient d’aucune mesure de protection.