Concernant la gouvernance de ces aires protégées, les 14 aires protégées sont gérées par l’Etat, une aire protégée est cogérée par l’Etat et les communautés (Arboretum de Butaganzwa) et une aire protégée est gérée par un privé (Arboretum de Bujumbura) et une autre protégée par des communautés (Bois sacré de Mpotsa).