Les lacunes sont énormes sur les données hydrogéologiques du Burundi. Les quantités et la qualité des eaux souterraines ne sont pas encore connues. Il est de même de la distribution spatiale des nappes souterraines. Néanmoins, le Plan Directeur National de l’Eau (PDNE) indique que globalement le Burundi dispose d’un débit aux sources d’environ 6.600 litres d’eau par seconde. L'imbo, le Kumoso et le Bugesera sont les régions naturelles aux sources les plus faibles, Par contre, les régions de haute altitude de Mugamba, Mumirwa et Bututsi sont bien pourvues en eau de sources avec des débits spécifiques supérieures à 0,3l/s*km2. Les sources en profondeur sont par contre plus abondantes dans les régions naturelles de l’Imbo et le Kumoso. La région de Bugesera est la plus défavorisée en ce qui concerne les ressources totales en eau souterraines.
