Le Burundi possède 14 aires protégées réparties dans 4 catégories à savoir les Parcs Nationaux, Réserves Naturelles, Monuments Naturels et Paysages Protégés totalisant environ 154650 ha soit 5,5% du total du pays. Ces aires protégées renferment beaucoup d’écosystèmes. Mais, en considérant les superficies actuelles de grands écosystèmes, il apparaît que plusieurs d’entre eux sont très faiblement représentés dans le système des aires protégées notamment les marais, le lac Tanganyika, les rivières et les forêts claires (Nzigidahera, 2000). Concernant les marais, le Burundi possède des étendues encore intactes atteignant 40000 ha.
Les marais non protégés occupent à peu près 32464 ha tandis que ceux qui sont mis en défens occupent environ 3799 ha et se trouvent dans la Réserve Naturelle de la Rusizi, le Parc National de la Ruvubu et autour de la Réserve Gérée du lac Rwihinda. Parmi les quatre grands cours d’eau, à savoir les rivières Rusizi, Ruvubu, Akanyaru et Malagarazi seulement les 2 premières sont protégées dans leurs cours inférieurs.
Le complexe marécageux de la Malagarazi n’est pas représenté dans le système national d’aires protégées. La dynamique de ce système hydrologique n’a pas été aussi bien étudiée, mais son importance dans le stockage, la régulation de l’écoulement des eaux et comme réserve de terres exploitables pendant la saison sèche est évidente. Le complexe marécageux de la Malagarazi est également très riche en biodiversité aussi bien faunistique que floristique.
La nécessité de protection du complexe marécageux de la Malagarazi a été longtemps reconnue au Burundi. En effet, la Stratégie Nationale et Plan d’Action en Renforcement des Capacités en matière de Diversité Biologique stipule qu’un tronçon substantiel de cet ensemble, le complexe basseMalagarazi - basse Rumpungwe, plus exactement 5 à 8 km de la vallée de la Malagarazi avant son entrée en Tanzanie, et 3 à 5 km de celle de la Rumpungu avant sa confluence avec la rivière principale, soit doté d’un statut spécial de protection.
Les efforts de protection du complexe marécageux de la Malagarazi par le Burundi viendraient compléter ceux de la Tanzanie où le système de la haute Malagarazi - Muyovozi bénéficie déjà d’un statut du site RAMSAR depuis 2000. La protection de cette localité viserait donc le maintien de cet écosystème transfrontalier qui est un refuge de la faune et de la flore détruites ailleurs dans la dépression voir même dans tout le Burundi.
